Prvi fudbalski klub u Bačkoj Topoli formiran je 1912. godine a zvanično postoji od 1913. godine pod imenom „Topolski Sportski Club“ (TSC).
Prvi takozvani sponzor kluba bio je Beer Karoly, koji je i prvi doneo loptu u naš grad.
1930. godine klub menja ime u „JAK” (Jugoslovenski Atletski Klub), a teren kluba je bio na današnjem vašarištu.
Početkom 1930-ih godina, počela je izgradnja novog stadiona u Gradskom parku gde se stadion i danas nalazi.
Od 1942. godine klub igra u Drugoj ligi Mađarske i postaje drugoplasirana ekipa ove lige.
Nakon II Svetskog rata, klub dobija naziv „Egység“, a 1951. godine menja ime u „Topolya“. Klub se takmičio u Subotičkoj ligi sa puno uspeha. Kasnije je uspeo da se plasira u Srpsku ligu gde je nastavio sa uspešnim takmičenjem.
1974. godine klub menja naziv u FK „AIK Bačka Topola“ kada doživljava najblistavije trenutke u svojoj istoriji. Najveći uspeh je svakako ulazak u II Saveznu ligu SFRJ i uspešno takmičenje u njoj.
2003. godine klub nažalost prestaje sa radom usled finansijskih problema i prva ekipa više ne učestvuje u takmičenju, nastavljaju se samo takmičenja u kojima učestvuju najmlađi igrači.
2005. godine klub obnavlja postojanje i fuzijom sa FK „Bajša“ iz Bajše klub dobija novi naziv FK „Bačka Topola”. Preuzimanjem tadašnje pozicije FK „Bajša” u Vojvođanskoj ligi, klub nastavlja takmičenja sa puno uspeha. Kadeti su bili prvaci lige u takmičarskoj sezoni 2005/2006 i 2006/2007, a seniorska selekcija je bila prvak Vojvođanske fudbalske lige, grupa „Sever” u sezoni 2006/2007.
Veliki uspeh kod seniora postignut je u sezoni 2010/2011. Kroz baraž utakmice obezbeđen je ulazak u Srpsku ligu.
FK „Bačka Topola” je težište svoga rada usmerila ka radu sa mladima i ima oslonac u sopstvenoj bazi.